A la plana del Baix Ter apareixen diversos tipus d’ambients relacionats amb l’aigua, que resulten de l’equilibri dinàmic entre terra, mar i aigua dolça. La interacció entre el mar, el riu i els sediments que aquest transporta han configurat un mosaic molt divers d’ecosistemes, amb variacions molt subtils en la durada de la inundació, la fondària, la salinitat, el contingut de nutrients o el tipus de substrat. Es descriuen a continuació els principals ecosistemes aquàtics que es troben al Baix Ter. La varietat d’ambients i la diversitat d’organismes que alberga és un dels principals valors ecològics d’aquestes zones humides.


- la maresma i les llacunes costaneres salabroses
- les llacunes costaneres d'aigua dolça
- les surgències d'aigua dolça
- els estanys temporanis interiors
- l'estuari del riu Ter


- ambients aquàtics fortament humanitzats

La fertilitat i la facilitat de regadiu a la plana del Baix Ter han permès que històricament s’hagi desenvolupat una intensa activitat agrícola i ramadera. El resultat és un paisatge humanitzat molt característic on s’observen ambients aquàtics creats o transformats per l’acció de l’home. Malgrat que són ecosistemes d’origen humà no vol dir que no tinguin un paper rellevant com a refugi de flora i fauna aquàtiques.
Existeixen extensions importants de camps d’arròs, on la inundació durant l’època estival dóna lloc a una important acumulació d’avifauna. També es troben les closes, nom que significa prats tancats (closos) per arbres. Es tracta de prats de dall o de pastura, que es conreen en els terrenys fàcilment inundables. Tot i que actualment són molt escasses a la plana, alberguen espècies de flora i fauna molt interessants d’ambients temporanis. Per últim, tota la plana té una extensa xarxa de recs i rieres, que supera els 1.000 Km de longitud i que tenen funcions de drenatge d’aigües de pluja o de canalització de les aigües de reg.

Martinets picotejant en un camp d'arròs