En la llanura del Baix Ter aparecen distintos tipos de ambientes relacionados con el agua, que resultan del equilibrio dinámico entre tierra, mar y agua dulce. La interacción entre el mar, el río y los sedimentos que este transporta han configurado un mosaico muy diverso de ecosistemas, con variaciones muy sutiles en la duración de la inundación, la profundidad, la salinidad, el contenido de nutrientes o el tipo de sustrato. A continuación se describen los principales ecosistemas acuáticos que se encuentran en el Baix Ter. La variedad de ambientes y la diversidad de organismos que alberga es uno de los principales valores ecológicos de estas zonas húmedas.

- la marisma y las lagunas costeras salubres


- las lagunas costeras de agua dulce

Las lagunas costeras de agua dulce son cantidades de aguas estancadas cerca del mar, pero las entradas de agua que reciben son dulces, generalmente a través de uno o más canales de alimentación. Acostumbran a ser antiguos y pequeños riochuelos que han quedado apartados del curso principal del río, pero por ellos aún circula cierto cabal, algunas veces imperceptible, de agua dulce. Son un ejemplo las lagunas del Ter Vell y de las Basses d’en Coll.
La influencia marina también es patente en estas lagunas. A lo largo de los episodios de temporales de mar, en ellas, entra agua marina y aumenta en gran cantidad la salinidad. Este aumento de salinidad vuelve a disminuir después del temporal a causa de la continua entrada de agua dulce. El flujo de agua dulce que llega en la laguna no es siempre constante dado que los canales, por donde pasa el agua que alimenta las lagunas, son utilizados para el riego. Por ello, la entrada de agua depende, en gran medida, del uso que se hace del agua para el regadío, y en menor medida, de los fenómenos meteorológicos.
Con la escorrentía llegan en las lagunas grandes cantidades de nutrientes procedentes de los adobos y de otros usos humanos que se desarrollan en la llanura. También han recibido aguas residuales sin depurar o solo parcialmente depuradas. La irregularidad en las entradas de agua y las aportaciones de materia orgánica y nutrientes han sido siempre las principales causas de que la cantidad de agua y el estado ecológico de estas lagunas no sea el deseable.

Perfil de vegetación del sector de las Basses d'en Coll

- las surgencies de agua dulce
- los estanques temporales interiores
- el estuario del río Ter
- ambientes acuáticos fuertamente humanizados