A la plana del Baix Ter apareixen diversos tipus d’ambients relacionats amb l’aigua, que resulten de l’equilibri dinàmic entre terra, mar i aigua dolça. La interacció entre el mar, el riu i els sediments que aquest transporta han configurat un mosaic molt divers d’ecosistemes, amb variacions molt subtils en la durada de la inundació, la fondària, la salinitat, el contingut de nutrients o el tipus de substrat. Es descriuen a continuació els principals ecosistemes aquàtics que es troben al Baix Ter. La varietat d’ambients i la diversitat d’organismes que alberga és un dels principals valors ecològics d’aquestes zones humides.


- la maresma i les llacunes costaneres salabroses
- les llacunes costaneres d'aigua dolça
- les surgències d'aigua dolça


- els estanys temporanis interiors

A la plana de l’Empordà el relleu gairebé pla i la desigual acumulació de materials sedimentaris aportats pels rius, han donat lloc a múltiples depressions del terreny que drenen amb molta dificultat les aigües que acumulen quan plou. L’aigua roman estancada i va marxant per evaporació, formant uns estanys d’inundació temporània, molt característics del clima mediterrani, que s’inunden durant l’època humida i queden secs els mesos estivals. Colonitzen aquests estany diverses espècies aquàtiques adaptades a sobreviure els períodes de sequera.
Antigament, la plana empordanesa era plena d’aquests estanys, sempre molt extensos, però de poca fondària, però la major part varen ser dessecats, entre els segles XVIII i XIX majoritàriament. Actualment només queden restes del que en el passat havien estat grans estanys, amb superfícies superiors a 200 ha. La seva superfície està ocupada per conreus que toleren o necessiten inundacions eventuals, com l’arròs, les closes o les pollancredes. Els estanys de Pals, de Boada, d’Ullastret i de Bellcaire són els exemples d’aquests estanys que trobem a la plana del Baix Ter.

Estany d'Ullastret

- l'estuari del riu Ter
- ambients aquàtics fortament humanitzats