A la plana del Baix Ter apareixen diversos tipus d’ambients relacionats amb l’aigua, que resulten de l’equilibri dinàmic entre terra, mar i aigua dolça. La interacció entre el mar, el riu i els sediments que aquest transporta han configurat un mosaic molt divers d’ecosistemes, amb variacions molt subtils en la durada de la inundació, la fondària, la salinitat, el contingut de nutrients o el tipus de substrat. Es descriuen a continuació els principals ecosistemes aquàtics que es troben al Baix Ter. La varietat d’ambients i la diversitat d’organismes que alberga és un dels principals valors ecològics d’aquestes zones humides.

- la maresma i les llacunes costaneres salabroses


- les llacunes costaneres d'aigua dolça

Les llacunes costaneres d’aigua dolça són masses d’aigua situades al costat del mar, però que reben entrades d’aigua dolça, generalment a través d’un o més canals d’alimentació. Solen ser antics escòrrecs fluvials que han quedat apartats del curs principal del riu, però pels quals encara hi circula un cert cabal, de vegades imperceptible, d’aigua dolça. En són un exemple les llacunes del Ter Vell i de les Basses d’en Coll.
La influencia marina també es fa palesa en aquestes llacunes. Durant els temporals de mar entra aigua marina i augmenta molt la salinitat. Aquest augment de salinitat torna a disminuir després del temporal a causa de la continua entrada d’aigua dolça. El flux d’aigua dolça sòl estar molt modificat perquè els recs d’alimentació d’aquestes llacunes se solen utilitzar per a regar. Així, l’entrada d’aigua depèn molt del seu ús per al regadiu i menys de fenòmens meteorològics.
Amb l’escorrentia arriben a aquestes llacunes grans quantitats de nutrients procedents dels adobs i d’altres usos humans de la plana. També han rebut aigües residuals sense depurar o només parcialment depurades. La irregularitat en les entrades d’aigua i les aportacions de matèria orgànica i nutrients han estat les principals causes de que la qualitat de l’aigua i l’estat ecològic d’aquestes llacunes no sigui el desitjable.

Perfil de vegetació del sector de les Basses d'en Coll

- les surgències d'aigua dolça
- els estanys temporanis interiors
- l'estuari del riu Ter
- ambients aquàtics fortament humanitzats