A la plana del Baix Ter apareixen diversos tipus d’ambients relacionats amb l’aigua, que resulten de l’equilibri dinàmic entre terra, mar i aigua dolça. La interacció entre el mar, el riu i els sediments que aquest transporta han configurat un mosaic molt divers d’ecosistemes, amb variacions molt subtils en la durada de la inundació, la fondària, la salinitat, el contingut de nutrients o el tipus de substrat. Es descriuen a continuació els principals ecosistemes aquàtics que es troben al Baix Ter. La varietat d’ambients i la diversitat d’organismes que alberga és un dels principals valors ecològics d’aquestes zones humides.


- la maresma i les llacunes costaneres salabroses
- les llacunes costaneres d'aigua dolça
- les surgències d'aigua dolça
- els estanys temporanis interiors


- l'estuari del riu Ter

El riu Ter és l’eix vertebrador de tota la plana. L’activitat sedimentària associada al riu ha donat lloc a l’orografia actual de la plana i, juntament amb la dinàmica marina, és el principal responsable de la creació dels diferents sistemes aquàtics que trobem a la zona. Actualment el tram final del riu es troba canalitzat i és difícil que en el futur es donin modificacions substancials del llit fluvial per causes naturals. En el seu tram final el riu Ter funciona com un típic estuari mediterrani, on la barreja d’aigua dolça amb el mar crea condicions de salinitat i nutrients molt variables. Així, per exemple, quan el cabal es baix, l’aigua de mar penetra aigües a munt de l’estuari. D’altra banda, les aportacions de nutrients provinents del riu quan el cabal és alt són molt importants per al manteniment de les comunitats marines de les illes Medes.

Riu Ter

- ambients aquàtics fortament humanitzats