A la plana del Baix Ter apareixen diversos tipus d’ambients relacionats amb l’aigua, que resulten de l’equilibri dinàmic entre terra, mar i aigua dolça. La interacció entre el mar, el riu i els sediments que aquest transporta han configurat un mosaic molt divers d’ecosistemes, amb variacions molt subtils en la durada de la inundació, la fondària, la salinitat, el contingut de nutrients o el tipus de substrat. Es descriuen a continuació els principals ecosistemes aquàtics que es troben al Baix Ter. La varietat d’ambients i la diversitat d’organismes que alberga és un dels principals valors ecològics d’aquestes zones humides.


- la maresma i les llacunes costaneres salabroses
- les llacunes costaneres d'aigua dolça


- les surgències d'aigua dolça

Escampades per la plana al·luvial es troben petites basses circulars i relativament profundes que reben aigua principalment per via subterrània. Solen ser esfondraments del terreny que deixen al descobert les aigües del nivell freàtic. Aquests ullals d’aigua subterrània eren antigament molt abundants, però molts d’ells han desaparegut. Els exemples més ben conservats d’aquestes surgències són els estanyets de Pals.
Com que l’alimentació arriba per via subterrània, el nivell i la composició de l’aigua varia molt poc i el contingut de nutrients és molt baix, de manera que són aigües força clares i força netes, on abunden herbassars de macròfits submergits, plantes aquàtiques que necessiten d’aigües clares per créixer.

Ullals de Pals

- els estanys temporanis interiors
- l'estuari del riu Ter
- ambients aquàtics fortament humanitzats