A la plana del Baix Ter apareixen diversos tipus d’ambients relacionats amb l’aigua, que resulten de l’equilibri dinàmic entre terra, mar i aigua dolça. La interacció entre el mar, el riu i els sediments que aquest transporta han configurat un mosaic molt divers d’ecosistemes, amb variacions molt subtils en la durada de la inundació, la fondària, la salinitat, el contingut de nutrients o el tipus de substrat. Es descriuen a continuació els principals ecosistemes aquàtics que es troben al Baix Ter. La varietat d’ambients i la diversitat d’organismes que alberga és un dels principals valors ecològics d’aquestes zones humides.

- la maresma i les llacunes costaneres salabroses
- les llacunes costaneres d'aigua dolça
- les surgències d'aigua dolça
- els estanys temporanis interiors
- l'estuari del riu Ter
- ambients aquàtics fortament humanitzats